机构设置
一、办公室
1、负责管理局党务、党风廉政建设、纪检监察、精神文明建设等工作；
2、负责保护区管理局干部人事、机构编制、人事档案管理、职工考核、干部调配和人才队伍建设等工作。
3、负责拟定全局工作计划、党政文件起草、公文处理、文档管理等工作；
4、负责单位会务筹办、接待服务、综合协调、督查督办等工作；
5、负责单位内控制度建设、内部各项规章制度制定；组织执行各项工作制度；
6、负责党务政务公开、督查督办、会务、保密、机要、信访等工作；
7、负责联络工会、妇女、共青团等群团组织；
8、负责机关安全生产、后期管理等工作，承担公务用车管理调配及水、电、暖等后勤服务工作；
9、承办交办的工作。
二、计划财务科
1、负责贯彻执行财务管理制度，抓好局机关财务管理制度化、规范化建设工作；
2、负责保护规划及生产计划编制，拟订保护区各项综合计划和年度生产计划并监督实施；
3、负责保护区经费预（决）算、政府采购等使用和管理工作；
4、负责国有资产管理、统计、财务及专控商品购置申报等工作；
5、负责劳动工资、福利、津贴、保险等工作；
6、负责全局财务档案的收集和管理工作；
7、负责全局项目库建设，承担项目招投标及验收、决算、审计等工作；
8、负责全局内部审计等相关工作；
9、负责机关食堂日常管理工作；
10、承办交办的工作。
三、资源保护科
1、贯彻执行国家有关保护区的法律、法规和政策；
2、负责保护区自然资源管理、林政稽查、林政执法工作；
3、负责保护站的日常协调管理工作，对管护员进行培训、指导、监督和检查；
4、负责保护区范围内林业、草原区划、规划、设计、资源调查和林业生态工程方案的编制、审核等工作；
5、负责公益林、天然林保护工程项目的规划设计、组织实施、监督管理和检查验收，负责指导两站护林护草员做好公益林日常管护工作；
6、负责林地草地征占用勘验、各类项目的环境影响审查与评价、森林资产评估和森林灾害损失评估；负责森林保险的投保和理赔工作；
7、协调当地政府、相关部门、乡镇做好资源保护工作，正确处理保护与发展的关系，建立社区共管机制；
8、负责保护区森林和草原火灾预防管理、防火宣传、火源管控工作；
9、负责全局业务类项目的统一汇总编报和实施监督等工作；
10、承办交办的工作。
四、科研宣教科
1、组织开展常规性科研监测、生态环境的动态监测评价及科研课题的研究、论证、申报和新技术推广；
2、组织开展科研合作交流工作，承担保护区野外观测台站和保护区学术委员会日常联系工作，衔接各类科学考察和动植物标本采集等活动；
3、负责保护区生态资源保护科技项目库建设，承担科研项目统一汇总编报和实施监督；负责普氏野马监测管理；
4、负责保护区科学考察及专题调研工作，组织开展森林草原有害生物的调查、监测、预报、防治、检疫等工作；
5、负责保护区法制建设及宣传工作；承担保护区网站、微信公众号更新维护及信息、新媒体宣传工作；承担森林草原防火、安全生产等宣传工作；
6、负责保护区戈壁植物园和宣传教育中心的管理工作；
7、负责保护区信息化建设，承担保护区计算机网络、数据库、业务应用等信息系统的建设与管理；
8、负责保护区干部职工（含护林护草员）继续教育、业务技能等相关教育培训工作；
9、收集、整理、编印保护区生态保护和生态文化保护方面的新成果；
10、承办交办的工作。
五、锁阳城保护站
1、负责执行国家有关自然保护区的法律、法规；
2、负责辖区内保护区站点的建设管理及护林护草员的考核等工作；
3、负责辖区内资源调查等工作，组织开展森林草原资源巡护与监测；
4、开展辖区内林地管理、林政稽查及护林防火等工作；
5、负责辖区内森林、草原病虫害的监测、防治等工作；
6、负责辖区内濒危野生动植物的抢救、保护等工作；
7、负责野生动物救助、野生动物疫源疫病防控及宣传等工作；
8、协调辖区内乡镇、相关部门、单位，做好资源保护工作，建立共管机制；
9、负责向辖区内群众宣传保护区和林草相关法律、法规；
10、承担辖区内项目实施的日常监管工作；
11、承办交办的工作。
六、柳园保护站
1、负责执行国家有关自然保护区的法律、法规；
2、负责辖区内保护区站点的建设管理及护林护草员的考核等工作；
3、负责辖区内资源调查等工作，组织开展森林草原资源巡护与监测；
4、开展辖区内林地管理、林政稽查及护林防火等工作；
5、负责辖区内森林、草原病虫害的监测、防治等工作；
6、负责辖区内普氏野马日常管理及濒危野生动植物的抢救、保护等工作；
7、负责野生动物救助、野生动物疫源疫病防控及宣传等工作；
8、协调辖区内乡镇、相关部门、单位，做好资源保护工作，建立共管机制；
9、负责向辖区内群众宣传保护区和林草相关法律、法规；
10、承担辖区内项目实施的日常监管工作；
11、承办交办的工作。